MAN 1 Probolinggo dalam sejarah pendiriannya, adalah madrasah negeri milik pemerintah yang dalam kelahirannya dilakukan oleh pondok pesantren Nurul Jadid Paiton Probolinggo, salah satu pondok pesantren terbesar di Jawa Timur.

Semula bernama Madrasah Aliyah Nurul Jadid sebelum mendapatkan SK pendirian sebagai madrasah negeri dari Dirjen kementerian Agama Republik Indonesia.

Pada tahun 1969 SK penegerian dari kementerian agama turun, Madrasah Aliyah Nurul Jadid berganti nama dengan Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN), dan dicantumkan dalam SK; bahwa Yayasan Pondok Pesantren  Nurul Jadid sebagai pembina MAAIN Karanganyar Paiton.

Adalah KH. Moh Hasyim Zaini pengasuh kedua pondok pesantren Nurul Jadid sebagai kepala MAAIN Kranganyar Paiton yang pertama.

Dalam perjalanan selanjutnya, madrasah ini mengkolaborasikan dua kurikulum; kurikulum kementerian agama dan kurikulum pondok pesantren Nurul Jadid.

Saat ini MAN 1 Probolinggo menyelenggarakan kegiatan pembelajaran di dua kampus, kampus 1 di luar area pondok pesantren Nurul Jadid dan kampus 2 berada dalam area pondok pesantren Nurul Jadid dimana semua siswi di kampus 2 adalah santri Nurul Jadid.

Seperti madarasah pada umumnya, MAN 1 Probolinggo mneyelenggarakan pembelajaran dalam 4 peminatan dan 1 program khusus.

Peminatan Ilmu Sosial, Peminatan IPA, Peminatan Bahasa, Peminatan Ilmu Agama dan MAN Program Keagamaan (PK).